北大-林肯中心以土地作为研究视角和切入点，探讨地方财政的可持续发展问题。主要研究课题：中国财政税收体系、宏观税负、税制结构、城市财政、地方税体系等。中心在房地产税领域开展的活动有研究、培训、政策咨询、出版刊物以及针对房地产税法、房地产税评估和管理开展示范试点项目。中心还支持中国地方公共财政研究，如中国财政结构和政府间转移支付、城市基础设施投融资、预算改革、地方债务、土地融资和可持续性城市财政。

城市规划是建设城市和管理城市的基本依据，是保证城市土地合理利用和综合建设的前提。北大-林肯中心注重通过科学合理的规划，转变城市发展方式，提升城市发展质量。中心人员曾赴昆明、广州、深圳等多个城市考察，针对经济转型、城市更新、规划改革等问题进行调查研究。

北大-林肯中心开展及资助的项目包括征地制度改革、集体土地入市、土地整理、土地财政转型、土地价值增值捕获等。中心与国土资源部、农业部、中国土地学会、国务院发展研究中心等政府部门及国内外高校合作，举办了一系列高质量的学术研讨会和圆桌讨论会，涵盖《土地管理法》修改、土地税费金改革、土地管理制度改革、土地规划和利用、土地产权、土地市场等议题。

北大-林肯中心关注住房市场供应体系、住房可支付性、住房公积金制度改革、住房金融政策、低收入住房等议题。中心和中国国际经济交流中心于2015年合作完成了“中国住房发展的形势、问题和对策建议”课题。中心还与清华大学恒隆房地产研究中心联合编制了“中国典型城市同质住房价格指数”，为政策研究与行业发展提供数据支撑。

北大林肯中心致力于促进中国的环境保护和可持续发展研究，积极推进城市生态发展战略、环境税与环境政策、环境保护投融资机制等方面的研究和实践，积极组织相关领域的学者和政府官员共同研讨中国城市环境和可持续发展的现状与前景。北大林肯中心组织并参与了中国城市发展与环境、土地与气候变化等大型研讨会、第三届海峡两岸经济地理学等大型研讨会，与大自然保护协会（）合作，共同推动深圳、珠海海绵城市建设示范项目。